Aos 59 anos e nove meses, João Antônio foi encontrado morto em seu apartamento. Ele morava na cobertura do edifício Lamberti, nº 15-A, Praça Serzedelo Correia, Copacabana, Rio de Janeiro. Era o dia 31 de outubro de 1996. O escritor ficara quase um mês desaparecido. João Antônio estava deitado na cama, de barriga para cima, com uma perna esticada e uma apoiada no chão. Sem sapatos, vestia calça de abrigo e camiseta. O corpo encontrava-se em avançado estado de decomposição.
A família já havia estado em hospitais, delegacias e no IML. Os amigos publicaram notinhas em jornais cariocas para comunicar o desaparecimento. Policiais da 12ª DP foram chamados pelos vizinhos. Um chaveiro abriu o apartamento 702 na presença da delegada titular, Ângela Costa, de alguns agentes, do zelador e do síndico. Segundo a perícia, João Antônio estava ali havia cerca de vinte dias e teve morte natural. O apartamento estava intacto, mas muito sujo. Junto da porta, montes de correspondências se acumulavam.
Segundo o único irmão do escritor, Virgínio Antônio Ferreira, ele tinha o hábito de desaparecer, então sempre acreditou que voltasse. De acordo com Marília Mendonça Andrade, sua primeira mulher, era normal João Antônio sair para comprar cigarro e retornar quinze dias depois.
Em julho de 1994, em conferência na Unesp, João Antônio vaticina sua morte pitoresca: “Eu acho que eu escrevo até quando eu estou sonhando; eu só gosto de escrever, eu não gosto de mais nada. Eu só gosto de escrever. Eu sinto que não resta muito tempo. Um dia desses sonhei que havia morrido e só encontraram meu corpo uma semana depois”.